無許可営業の会社で働いている場合でも、労働基準法は適用されるのですか？

労働基準法の適用を受けるには、法的な意味での「労働者」に該当する必要があります。法的な意味での「労働者」とは、単に会社等で働いている人という意味ではなく、「事業の種類を問わず、事業または事務所に使用される者で賃金を支払われる者」（労働基準法第9条）と定義されています。

無許可営業とは、たとえば飲食店の場合でいえば、店を経営するために必要な、食品衛生法などに基づく法的な許可を得ていない場合を指します。そして食品衛生法は、飲食店経営を適正に行わせるための行政上のルールを定めるものなので、仮に許可がないとしても、労働契約といった民事上の法律関係には影響をおよぼしません。したがって、食品衛生法などの法律で必要な営業許可を取っていない事業所で働いていたとしても、労働契約の効力には影響しないので、働き方や給料の支払われ方などに照らして上記の定義に該当する限り、「労働者」として労働基準法が適用されることになります。
なお、同法が適用されると、残業代が請求できる、有給休暇が発生するなどの効果が生じます。