これまで支給されていた通勤費が支給されないことになりました。今後も支払ってもらうことはできないのですか？

支給してもらえる可能性があります。
通勤費の支給は、通常、会社と労働者との間の労働契約の内容（労働条件）とされており、会社の都合により一方的に通勤費を支給しないとすることは、労働契約の内容（労働条件）の不利益変更となります。

この不利益変更には、会社と個々の労働者との間の個別の合意、または就業規則や賃金規程の合理的な変更によることが必要とされます（労働契約法第8条、同第9条および同第10条）。そのため、個別の合意や規則等の合理的な変更がなければ、会社は通勤費の支給を続けなければなりません。
もっとも、規則等で通勤費の支給条件が定められ、その支給条件に該当することがなくなった事情の変更があれば、会社は通勤費を支給しないとすることができます。

たとえば、通勤に自家用車のガソリン代を含め費用の支出が必要な従業員に対し、実際にかかる費用に応じて一定額の通勤費を支給する旨の規定があるところ、従業員が会社の近くに転居したことで徒歩通勤となり、費用の支出が不要となった場合などです。